Cairo Dockの取り敢えずのまとめです。Cairo Dock標準のメニューアプレットに表示されないアプリケーションはDockに追加できないようです。OpenOfficeがどうもそうで、Dockの中にサブ・ドックを作って、その中にデスクトップに作ったアイコンを入れても、ログアウトすると消えます。
ということで、仕方がないのでOpenOfficeのアイコンはデスクトップに残さざるを得ませんでした。また、ターミナル(端末)はデスクトップが崩れた際にログアウトするために置いておきました。
基本的にアプリケーションのランチャーはDockに、ドキュメントはデスクトップに置けば、スッキリする感じです。CairoDockは設定がいろいろできますので、本家のサイトを参考に、いろいろ試した見たら良いと思います。