UbuntuサーバーをUbuntu15.04LTSからUbuntu16.04LTSに移行したところ、ヘマをやってしまいました。Wordpressのデータベースは残りましたが、Wordpressを削除してしまいました。そのため、Wordpressの最新バージョンをインストールし、データベースを元のデータベースに設定し、インストール自体はうまく行ったかのように見えたのですが、プラグインの新規インストールや有効化ができません。
結局、①元のデーターベースをmysqldumpでバックアップ(SQLファイルの生成、例えば、wordpress.dumpの生成)②空のMySQLデータベース(wordpress1_db)を作成し、Wordpressを新規インストール③新しく生成したwordpress1_dbに元のデータベースを移行(mysql -uroot -p wordpress1_db < wordpress.dump)するなどして、復旧しました。
暫く用事があり、サイトの更新ができなかったのですが、Wordpressはバージョンアップ時にデータベースを更新するので、データベース構造が古くなっていたために発生した問題のようです。取りあえずは、最新バージョンへの更新を怠らないようにすべきでしょう。
なお、Wordpressのバックアップは、形式(Wordpressのプログラム)と内容(データベース)を別々にバックアップしておくのが一番簡単だと思います。前者はFTPでローカルのUbuntuデスクトップに、後者はSSHでログインしてmysqldumpでdumpファイルを作成する、ということです。バッチファイルを作成して自動実行させれば良いでしょう。
※mysqldumpによるダンプファイルで、wp-users, wp-optionsのテーブルを作成する箇所は削除しておかないと、元のサイト名が残っておかしくなります。ご注意をお願いします。